Logroño contaba en los siglos XVI y XVII con numerosas cofradías, con sede en las iglesias que en aquel momento había en la ciudad, como Santa María de la Redonda, Santiago el Real, San Pedro de los Lirios y los Conventos de San Francisco y de Valbuena.
En las primeras documentaciones sobre la Semana Santa Logroñesa, aparecen la Cofradía de la Vera Cruz en 1689, y la Cofradía de Nuestra Señora de la Soledad en 1694, que tenía su sede en el Convento de la Merced. Ese mismo año se produce la donación por parte de Don Gabriel de Unsain de una urna sepulcral y otra imagen de su Madre Dolorosa.
Hasta finales del siglo XIX, se pierde todo tipo de documentación acerca de la Semana Santa logroñesa, siendo en 1882, cuando se funda la Cofradía del Santísimo Cristo de la Oración del Huerto, con sede en la Iglesia de Santiago el Real. Esta, desaparecería poco después. Seis años más tarde en la misma iglesia surge la Cofradía de Jesús Nazareno, que se encargaría de procesionar los pasos de Jesús Nazareno, Jesús Atado a la Columna y Jesús Coronado de Espinas. Ninguno de ellos se procesiona actualmente. El primero de ellos, es el Nazareno que actualmente se venera en la Ermita del Cristo del Humilladero. El paso de Jesús Atado a la Columna, se conserva en la parte superior del altar del Santo Sepulcro en la Capilla de los Ángeles de la Concatedral de la Redonda y en cuanto al de Jesús Coronado o medio cuerpo, se guardaba en el Hospital Civil o Provincial, y está actualmente desaparecido pues debido a su nulo valor artístico y su mal estado de conservación, fue imposible restaurar
Una vez finalizada la guerra civil en 1939, se comenzó a palpar en Logroño un hondo deseo de llegar a poseer una serie de organizaciones que diesen el rigor y la seriedad necesaria a los desfiles procesionales de la ciudad. Tras una serie de reuniones entre logroñeses devotos, el Abad de la Catedral y Cabildo Catedralicio, se aprobó por parte de todos, la formación de una hermandad que con sus hábitos discretamente llamativos llamasen a la piedad y a la devoción del Santo Entierro a su paso ordenado por las calles logroñesas. En 1940 se constituyó canónicamente la Hermandad de la Pasión y el Santo Entierro.
Recién fundada la Hermandad, su prioridad fue el revitalizar por completo la gran Procesión del Santo Entierro y a su vez, organizar una nueva procesión conocida actualmente como la del Encuentro. Esta procesión escenifica el momento en que Jesús con la Cruz camino del Calvario, se encuentra con su Madre. Esta nueva procesión se comenzó a realizar el día de Jueves Santo y el primer lugar donde se produjo dicho Encuentro, fue en la esquina de las calles Sagasta y Mayor.
En 1943 se llevó a efecto por segunda vez dicha procesión del Encuentro, y aproximadamente a las once de la noche, los 303 hermanos con los que contaba ya la joven Hermandad salíeron hacía la calle Mayor desde la Redonda. Antes habían cantado el Miserere, composición original del maestro Valdés. Portaban estos hermanos la imagen de la Virgen Dolorosa. Al llegar la comitiva al cruce señalado, la guardia romana que abría el desfile simuló el prendimiento de Jesús, que en ese momento era sacado de la Iglesia de Santiago el Real. Formados los soldados romanos condujeron al Nazareno desde la Iglesia hasta la confluencia de las calles establecidas, donde se produjo el acto del Encuentro entre las dos imágenes.
Por lo que respecta a la magna Procesión del Santo Entierro, ésta, tomaba más realce con el paso de los años, llegando a participar en ella en 1943 miembros de la división azul recién llegados de combatir en Rusia, formados en piquete de honor con banda de cornetas.
En 1944 salió por primera vez el Santo Cristo de las Ánimas, que se encontraba en los claustros de la Iglesia de Palacio. Fue en el interior de esta iglesia cuando en 1945 los jóvenes de Acción Católica organizaron por primera vez el Vía Crucis para hombres.
En 1946 la Hermandad estrenaba una valiosa cruz y dos faroles de guía, así como nuevas andas para el encuentro, mostrando así el dinamismo de la cofradía. Cada año que transcurría, la Hermandad procuraba mejorar respecto del año anterior, rogando que los hombres y jóvenes logroñeses participasen siendo parte de la misma. Es en 1947 cuando se funda la Hermandad infantil, como filial de la de la Pasión y el Santo Entierro. Sería la encargada de portar el nuevo paso de la Entrada de Jesús en Jerusalén y sus miembros se encontrarían entre los 8 y los 15 años, pasando a ser miembros de pleno derecho de la Hermandad una vez cumplida esa edad.
1949 fue un gran año para la Hermandad. Tras mucho tiempo en que se abrió una suscripción popular, se consiguió estrenar el nuevo manto para la Dolorosa , que lució majestuosa en la procesión del Encuentro. Es además ese mismo año en el que sale por vez primera la imagen de María Magdalena, escoltada por una gran cantidad de penitentas.
A partir de 1950 la Hermandad sufre momentos de crisis, agraviados por los gastos económicos y el bajo número de hermanos (menos de 500). Se buscaron múltiples soluciones para poder continuar con sus propósitos, hasta que en 1956, la ilusión de los hermanos pudo hacer posible la realización de unas nuevas andas para el paso del Sepulcro.
Con los años los pasos fueron siendo mejorados y ampliados, hasta que en 1966 salió a la calle la Cofradía de las Siete Palabras y del Silencio, completamente independiente de la Hermandad. Poco a poco fueron surgiendo nuevas Cofradías como secciones de la Hermandad , que irían haciéndose cargo de los pasos que se les iría cediendo, otras con pasos que encargaron y sufragaron ellas mismas. Pero esto ya es historia de cada cofradía
En 2000 la Hermandad de la Pasión y el Santo Entierro se convierte en la Hermandad de Cofradías de la Pasión de la Ciudad de Logroño. En 2002 ingresa la Cofradía de las Siete Palabras, la única que no pertenecía a esta hermandad.
La Semana Santa de Logroño está viva. Evoluciona y se mejora año tras año, retomando la ilusión que los fundadores de aquella Hermandad allá por 1940 tenían en hacer de nuestra semana Mayor una muestra digna y grandiosa de representar la Pasión y Muerte de Nuestro Señor Jesucristo.